中小型企業在內控制度、經營情況、貿易安全性層面與海關AEO認證規定不相符合，本身管理模式和管理方法機器設備落伍，變成中小型企業申請辦理AEO認證的關鍵阻礙。比如，在廣東省沿海城市很多大家族型中小企業大部分選用手工制作做賬，針對與進出口貿易有關材料未建立完善的存檔規章制度，沒有超過海關規定的報關單據最少儲存5年的規定。內部控制制度不健全造成海關過后監管難度系數提升。

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